Se desiderate prenotare un posto, per farlo, potete recarvi agli sportelli di prenotazione delle stazioni chiamati "Midori no Madoguchi" nel caso delle linee JR. Presentando il vostro Japan Rail Pass, potrete prenotare un posto a bordo del vostro treno, senza spese supplementari.
I siti di prenotazione online sono di solito in giapponese e quindi molto difficili per gli stranieri. Il sito
JR East Shinkansen Reservation offre tuttavia la possibilità di prenotare online in inglese, ma attenzione: solo gli Shinkansen della rete JR East, cioè gli Shinkansen e treni express limitati a Tokyo e alla regione Nord e il Narita Express.
Novità: da giugno 2020, i titolari di un Japan Rail Pass possono prenotare i loro posti gratuitamente direttamente presso i distributori automatici dedicati, oltre che alle biglietterie JR.
Japan Experience non offre il servizio di prenotazione dei posti sui treni.